паспортный режим.

Никакого штрафа за "не было прописки в России не существует", так же как за "просрочил паспорт". Есть штраф за проживание по месту жительства или пребывания без регистрации или с недействительным паспортом. Он жил за границей, а значит не имел места жительства или пребывания. Т. е. нет события правонарушения.

Надо понять о какой еще такой паспортно-визовой службе идет речь. Если вы так именуете ФМС, то надо слать их лесом и требовать выдать новый паспорт, иначе вы их привлечете за нарушение порядка оказания госуслуг по статье 5.63, там штраф 3-5 тысяч. Ставить условием обмена паспорта уплату какого-либо штрафа незаконно.

Если у них хватит тупости упорствовать с этим штрафом, то в протоколе писать, что ничего не нарушал, проживал за границей. И требовать выдачи копии протокола сразу же.

Рекомендую ознакомиться со статьей КоАП 1.5. Гражданин не должен ничего доказывать и считается невиновным, пока сами должностные лица не докажут его вину. Вот пусть поусираются доказывая что он имел место жительства в РФ.

никакого штрафа не должно быть

Да правомерно. Сотрудники паспортного стола, строго, выполняют должностные инструкции. Инструкцией ваш случай вероятно не предусмотрен. В паспорте видно, выписался и ни где не был прописан 10 лет. Язык документов. Заплатите штраф, потом попробуйте через суд вернуть деньги. Я думаю, что суд Вы выиграите. Или Вам "динаму" включат.

Закон есть закон..

Если ваш сын за границей жил легально, то он был обязан как гражданин РФ встать на консульский учет в посольство РФ при стране в которую вы приехали жить и учиться, принесите в паспортный стол все бумаги и вопрос исчезнет. Мне даже перерасчет за воду сделали, когда у меня не было счетчиков, так как я не жила в этот период в РФ.