В паспорте стоит печать регистрации, а оказалось месяц назад владелица квартиры выписала из домовой...

Если у вас временная регистрация, то она закончилась по истечении срока и вас хозяйка выписала из домовой книги законно и без вашего участия.
Если была постоянная регистрация, то она могла снять вас с регистрационного учёта только в судебном порядке.
если вам регистрация особо не нужна-то можно "ходить" и без неё.
Если у вас нет места жительства или места пребывания, где вы проживате более 90 суток-то санкций-никаких

выписать из домовой она могла только после решения суда-оно было?

Если вы имели регистрацию по постоянному месту жительства, то снять Вас с регистрации могли только в судебном порядке. Раз вы об этом не знаете, либо судебного решения нет, либо вы не живете по месту регистрации. Если по месту регистрации не проживаете и у Вас нет решения (судебного) об устранении препятствий в пользовании жилым помещением (как доказательство того, что Вам препятствовали в проживании по месту регистрации) , то суд вполне мог удовлетворить соответствующий иск собственника.
Если Вы и живете по месту регистрации, и нуждаетесь в проживании именно там, но Вас не уведомили о суде, то Вы вправе в суде по месту жительства получить решение суда, если заочное решение, то отменить его в районном суде, предоставив доказательства уважительности неявки, если очное, то восстановить срок (заявление о восстановлении срока) и подать кассационную жалобу в Верховный суд (подается через районный суд)