Как правильно чистить вольер собаки? Я убираю его естественную нужду, но все равно остается не приятный запах.

Собаку, живущую в вольере, в любом случае нужно выгуливать. Собаке нужны физические нагрузки, движение, разминка, так что без выгуливания все равно не обойтись. И заодно исчезнет проблема "естественной нужды" на полу вольера.

Если собака вынуждена жить в вольере постоянно, какая-то часть доступной ей территории должна быть просто грунтовой (земля, травка) . Там она и будет справлять свои делишки, как бы в естественных условиях. Проблем с запахом и уборкой станет на порядок меньше.
С вольером можно заказать выгул. Выгул для собаки - это продолжение вольера не имеющее кровли и деревянного настила. Выгул нужен если собака будет содержаться в вольере постоянно. Выгул желательно делать по меньшей мере такой же площади что и сам вольер.
К примеру, фото вольера с зоной выгула.

зависит от того, из чего пол - линолеум, дерево.
вольер домашний для щенков или уличный?

Все равно запах будет оставаться, от этого никуда не дется такова природа запаха. Есть гипатетически возможный один способ, вот для обеззараживания человеческого туалета от вирусов и микробов применяют кварцево-озонирующие лампы, они сейчас есть в продаже, они убивают как при помощи кварцевого излучения вирусы, и бактерии, так и окисляя вирусы и бактерии озоном который также для них смертелен. К тому же они уничтожают неприятные запахи в туалете создавая там запах, по словам производителей, горного воздуха. Попробуйте купив эту лампу обеззараживать ею вольер у собаки, при этом переводя собаку в другое какое либо место на время этого обеззараживаания. Благодарю, желаю вам удачи, и счастья!!!

брызгать спрэем