Кошка боится котёнка.

Куда она денется, привыкнет сама.

в разных комнатах их держите . показывайте друг другу только в своём присутствии. при этом ласкайте играйте с ними поровну чтобы не было ревности. за месяц привыкнут друг к другу. был у нас случай . жил у нас кот два года. потом взяли ему подружку чтобы ему было с кем играть . по началу этой молодой кошечке стали уделять много внимания, кот даже стал ревновать, а кошечка решила что она пуп земли, обнаглела и даже стала бить кота лапой. кошечку решено было проучить . посадили её в переноску на полчаса .наверное она решила что её отнесут обратно в питомник где её обижали взрослые кошки. как уж она орала сидя в переноске и ручки свои из неё высовывала аж по плечи, зато когда выпустили стала как шёлковая. теперь котаусы дружат

С не-привычки, рано или поздно привыкнет

Привыкнет. Оставьте их в покое на какое-то время.
Если вот ну прямо очень надо вам что-то делать - изолируйте их друг от друга: например, кошка на правах хозяйки пусть живет во всей квартире, а котенку - отведите какое-то не большое помещение (одну комнату - если есть, кухню, прихожую, ванную...), закройте дверь и держите только там. Со временем кошка привыкнет к постороннему запаху, начнет проявлять интерес к тому, кого вы там прячете... И котенку будет интересно. Сперва они станут лапки просовывать под дверью, нюхаться, потом выскакивать начнут.
Но имейте в виду - кошка у вас уже пожилая, а котенок еще мелкий. Кошка уже перебесилась, а котенок будет бесится очень активно где-то 1,5 - 2 года. И естественно, котенок будет пытаться втянуть в свои побегушки по потолку и стенам и кошку тоже. Вероятно, это будет выглядеть как он на нее нападает, или как она его бьет. Тут уж сами смотрите, как действовать.

Домашние кошки они такие... Ревностно относятся к тому, что появляется в квартире ещё кто-то из кошачьих.