Всё живое, впрочем и неживое имеют душу. Как насчет микробов и вирусов?

Конечно у них есть души! А так же цивилизации, религии, национальности и идеи. И есть у них свои мечты. И по любому задаются вопросом о смысле жизни. Так же как и мы для кого то просто микробы или вирусы. Скорее вирусы.

Это уже давно сделаннно, вирусы не доклеточные, а внеклеточные организмы, они не могут существовать без клетки, т. к. паразитируют в клетке

С чего вы взяли? Душа это космическая индивидуальность или структура. Зачем микробам такая сложность? Другое дело они обладают элементарным сознанием. Что это значит описано в источнике. Можем дать.

Всё что рождатся, стареет, размножется и ростет имеет атман (душу).

А вирусы не живые. Биологи их к живым организмам не относят: у них нет двух критериев жизни - они не питаются и не развиваются в течении жизни.

Для начала надо выделить душу в чистом виде, изучить её свойства, классифицировать; а уж потом разбираться у кого она какая :)

Вроде бы первая часть Вашего вопроса отвечает на вторую... )

У микробов и вирусов душа не сомненно есть, но она более коллективная, чем, например у людей, где души на нашем уровне дифференцированы весьма.

Они из антимира, грубо говоря из мира тьмы, сатаны, а значит имеют антидушу

Один философ сказал, что отдельных душ не существует. Есть единая Мировая Душа, которая оживляет всё вокруг. И нас в том числе.

А я не уверен, что всё живое имеет душу!

Так что и компьютерный вирус имеет душу?

Согласно некоторым религиозным возрениям даже у камня есть душа. А если серьезно, то пока ее не поймают, не взвесят и иначе не измерят, я в наличие души верить не буду, как и в любую религию. Лучше уж верить в Деда Мороза - единственный кто приносит только добро, хоть и не существует.