Откуда взялась идея философского камня, который лечит все болезни и даёт бессмертие ?

Ну так алхимики с минералами работали, а не с растениями. Люди верили, что металлы и камни обладают каждый своей энергией. Пытались сваять вот какой вот камешек.

На мой взгляд это идёт со времён Легендарной Атлантиды.
Атланты знали, что в неугасимых глубинах Земли под влиянием тепла раскаленной магмы сначала образуются «несовершенные» металлы – свинец, олово, железо и другие. Затем неблагородные металлы постепенно «созревают», как цыплята в инкубаторе, облагораживаются и, в конце концов, вылупляются в виде совершенного металла – золота. Ускорение «созревания» металла можно вызвать несколькими путями. Во-первых, силой мысли, как это делали толтеки, но для этого нужно иметь кармически чистую душу для выхода на причинный план. Во-вторых, ядерным синтезом, но это дорого и долго. И наконец – химическим путем. Искусство превращения неблагородных металлов в благородные пришло в наши дни от чародеев Руты. Подобную трансмутацию у нас принято называть алхимией. «Все металлы, – учили жрецы Евронуса, – образуются из серы и ртути. Их надо брать в совершенных отношениях и нагревать в присутствии особого эликсира». Волшебный эликсир назывался «философским камнем». Этот «философский камень» и тщились разыскать алхимики Средневековья. Им требовался и «Белый эликсир», превращающий любой металл в серебро, и «Красный эликсир», обращающий в золото все, что с этим философским камнем сплавляется.

Из древней алхимии
Только это не "камешек", а СИМВОЛ СОВЕРШЕННОЙ МАТЕРИИ - вот она вечна. А в средние века символизм был утерян и погнались за бессмертием

Из Гарри Поттера

Из естественного желания жить вечно и счастливо, свойственного каждому человеку. Однако в сущности философский камень стал аллегорией мудрости, которая способна решить любую проблему и пребывает вечно.

из какой то секты

Это всё Гарри Поттер виноват.