Почему психические заболевания называют болезнями души, если фактически, речь идёт о мозге?

Потому, что при психических заболеваниях в ряде случаях исключается органические поражения мозга и нарушения его функций, включая черную область, но присутствует измененное состояния сознания, и человечеству до сих пор неизвестно, что, как и при каких условиях вызывает это измененное сознание :)))

Так ведь не всегда. Травмы бывают психологическими, без функциональных нарушений.

Для чего человеку мозг, или где рождаются мысли

Мысли, характер, чувства, сны, ум - это все относится к душе. Личность человека - это не мозг, это его душа.
Мысли рождаются в душе и поступают в мозг уже в готовом виде.
Мозг - это как бы пульт управления человеческим телом. Сейчас уже установлено учеными, что определенные участки мозга отвечают за разные функции тела. К примеру, на затылочной части мозга находится область управления зрением, а на височной - слухом. Есть участки, которые управляют руками, ногами, головой, мышцами лица, языка и т. д. Душа руководит телом примерно как водитель - автомобилем. Точно так же, как шофер нажимает на кнопки и рычажки на приборной панели, душа «прикасается» к различным «кнопкам» на человеческом мозге. Опытный водитель со временем приобретает такие навыки вождения автомобиля, что как бы срастается с ним. Многие действия он совершает автоматически: переключение скоростей, сбрасывание скорости, поворот руля. Он ведет машину, не задумываясь о том, как он это делает.
Точно так же поступает душа. Сначала она, вселившись и тело маленького ребенка, постепенно учится им управлять - ходить, двигаться, говорить… Поэтому дети сперва такие неуклюжие и неловкие. Со временем душа осваивается с телом и «рулит» им автоматически. Поэтому мы, взрослые, даже не задумываемся о том, как надо правильно переставлять ноги. Для нас это становится такой же естественной привычкой, как для водителя, садясь за руль, класть руки на баранку.
Человеческое тело - это невероятно сложная, но все-таки машина.
http://bookscafe.net/read/garifzyanov_panova-otkroveniya_angelov_hraniteley_1_nachalo-144898.html#p18

Просто традиция с давних пор.

Нет. Психика это ум прежде всего. Ум это функция ментальной оболочки. Изучи энергетику человека. Мозг это центр управления телом, но не более. Если мозг поврежден, то он просто искаженно передает информацию и это выглядит на физике как искажение. Вообще если хочешь проверить нарушена ли твоя психика то просто сядь и постарайся расслабиться полностью до потери ощущения тела... если ты можешь входить в медитацию, с тобой все в порядке, если нет, ты больна/болен ( психика напряжена/ум) Искажения в энергетике сразу отражаются на теле и его поведении. Тут мозг не при чем, это очень примитивный взгляд у тебя, ты видимо новичек еще в этом.

почему о мозге?) если это решается обычными успокоительными, это эмоциональное