Стоит ли переплачивать 2млн. руб за квартиру с московской пропиской?

Что за квартира такая, с московской пропиской? Вы где и как живёте? Переплата по сравнению с чем идёт?

Почему вы считаете, что медицина везде платная? Есть ОМС и вы можете прикрепится к любой поликлинике по месту фактического жительства и бесплатно там обслуживаться (для этого не нужна ни прописка, ни временная регистрация! просто пишите заявление на имя заведующей и указываете адрес фактического места жительства, доказательства не нужны).

Фактическая выгода в детских садах и школах (в вашем случае), но это зависит от района на самом деле (в некоторых районах Москвы с ними тоже проблемы, а в некоторых районах МО проблем нет).

ИМХО в вашем юном возрасте нет смысла переплачивать, если для вас эта сумма значительна.
Если в будущем прописка будет для вас принципиальна - будете менять одну квартиру на другую (прописка может быть принципиальна, если у вас появится возможность получить нахаляву от государства какое-то жилье или другие ништяки. Это актуально для военных, госслужащих и т. п.)

если выбор между химками за 2 млн, и зеленоградом за 4, то на мой взгляд выбор очевиден....

Сходня пока только застраивается иэто лет на 5-7, и если сравнить эти два места, то можно понять почему Зеленоград дороже, да и за 2,2 млн. р. это даже не сама Сходня.
Тем более есть такое понятие как ликвидность - в Зеленограде вы всегда продадите квартиру за те же деньги.

Переплата по всему рынку или как?
Московская прописка + при устройстве на работу и как вы отметили другая пенсия будет. Но если вам удобней жить в области, то не вижу причин переплачивать.