А почему собственно считать вредом "глобальное убийство всего живого" во время всемирного потопа?

Бог ни когда не истребляет не заслуженно, а делает это избирательно!! !
Подобного рода вмешательством был Потоп во дни Ноя.

В Бытие 6:11, 12 говорится: «Земля растлилась пред лицом Божиим, и наполнилась земля злодеяниями. И воззрел Бог на землю, и вот, она растленна, ибо всякая плоть извратила путь свой на земле» .
Допустил ли Бог, чтобы злые подорвали последние моральные устои? Нет. ОН навел на землю Всемирный потоп, чтобы очистить ее от тех, кто погряз в насилии и безнравственности. Это было Божьим вмешательством. Это было наказанием для всех тех, кто утонул.

А если бы "умерли только телесные оболочки, а души остались живы. " - это не было бы наказанием.

«Всякая душа, которая не послушает Пророка Того, истребится из народа» (Деяния 3:23). «Все одушевленное умерло» (Откровение 16:3).
Употребление слов не́феш и пси·хе́ в Библии ясно показывает, что душа человека — это личность или, в случае животных, — существо.
Это не бессмертная часть человека.
В самом деле, слово не́феш применяется даже к самому Богу: «Любящего насилие ненавидит душа Его» (Псалом 10:5).

ПИСАНИЕ ЯСНО ГОВОРИТ

Экклезиаст 3:19–20:
" ...участь сынов человеческих и участь животных - участь одна; как те умирают, так умирают и эти, и одно дыхание у всех, и нет у человека преимущества перед скотом;... Всё идёт в одно место ; всё произошло из праха, и всё возвратится в прах. "

Убийство есть убийство, а потоп это геноцид населения. Ведь я могу просто подойти и застрелить любого. Тела погибло, а душа жива. Это что не убийство?

правильно!

Творец создал - Творец и уничтожил. Как раз уничтожил ради продолжения жизни