В одноклеточных организмах есть душа? Они живут , размножаются и умирают

Они сами и есть души живые (Бытие 1:24).

и в атомах и протонах и так далее

Целых две!

В простейших, иногда больше Души, чем в некоторых людях.
Сравните Фюрера и споры пенницилина. Они современники.

Ото ж. Есть у них одноклеточная душа, которая живет, размножается и умирает

Что есть ДУША? Что есть ЖИЗНЬ? Что есть РАЗУМ?
А что такое - МЕРТВАЯ ПРИРОДА? Существует ли она?
Основное свойство ХАОСА, ГАЗА - деградация,
Основное свойство ЖИЗНИ - развитие.
Любое более низкоорганизованное развивается
только с помощью более высокоорганизованного!
Все процессы в природе - это замкнутый подъемник (эскалатор) ,
верхние звенья которого тянут за собой нижних и подталкивают верхних.
ВЕРХНИЕ - ЭТО И ЕСТЬ ДУШИ ДЛЯ НИЖНИХ, А НИЖНИЕ - ТЕЛА ДЛЯ ВЕРХНИХ.
Тогда - жизнь - это пара таких звеньев из замкнутого кольца цепи.
Тогда - разум - это тройка таких звеньев из замкнутого кольца цепи.
А ЗМЕЯ, КУСАЮЩАЯ СВОЙ ХВОСТ - символ вечной цикличности природы.

В них есть дух Творца.

В каком то смысле... есть.

в каждой машине (теле) есть водитель (живое существо-душа)

И попадает в одноклеточный рай или адъ

душа есть у многоклеточных типа homo sapiens... у одноклеточных врятли - вселенная-то не резиновая.., чтобы сохранять и души букашек..

Нет. В них есть просто Жизнь. А вот Души нет.
Всё что вы перечислили свойственно всем живым организмам, но это не подразумевает наличие у организма Души.

У них есть душа и есть даже разум, которого к сожалению недостаточно, чтобы задаваться вопросами о смысле жизни. Это их выбор. Поверьте, они рады своей форме жизни не меньше нас с вами. Такова сила иллюзии. Мы тоже считаем себя венцом творения, но с точки зрения высших существ мы не далеко ушли от амеб: те же ценности - еда, сон, размножение и безопасность, только достигаемые при помощи более развитого разума.