В небе есть окна согласно библии?

Конечно есть! И бох их регулярно открывает.

Только не пластиковые окна. А в небе есть дыры? (озоновые)
Так что это образное выражение, доступное нашему пониманию.
И нечего придираться к словам, пренебрегая смыслом.

это ворота были.

Но теперь их заклинило. :-)

А как можно было обьяснить тем людям с примитивным представлением о строении мира.
А о духовном мире не разумеют и сейчас, те которые смеются над древними, потому Иисус говорил притчами, т. е. образами, чтобы на земных понятиях человек приблизился к понятию духовного.
Лук. 8:10 Он сказал: вам дано знать тайны
Царствия Божия, а прочим в притчах, так
что они видя не видят и слыша не разумеют.

А после Потопа из окон высунулись специальные насосы и всосали воду обратно.))

- Земля, о достойнейший из учителей, имеет форму плоского диска и омывается со всех сторон величественной рекою - Океаном. Земля покоится на шести слонах, а те, в свою очередь, стоят на огромной черепахе. Так устроен мир, о учитель!
Старик Хоттабыч в коридоре одобрительно кивал головой.
Весь класс помирал со смеху.

....

- Заклинаю тебя, о юный мой повелитель, - сказал он, обращаясь к Вольке, - потряс ли ты своими знаниями учителей своих и товарищей своих?
- Потряс, - ответил, вздохнув, Волька и с ненавистью посмотрел на старика Хоттабыча.