Как правильно Исповедоваться у батюшки в церкви? Что почитать, как молиться? Иногда страшно и стыдно перед оком Господа!

Можете исключить это неприятное промежуточное звено: пишите прямо в ФСБ о своих преступлениях.

Правильно -искренне раскаявшись и ни в чем не оправдываясь.
http://azbyka.ru/dictionary/09/ispoved-all.shtml
Каноны и молитвы для подготовки к
Таинствам Исповеди и Святого Причастия
есть в каждом молитвослове-
http://azbyka.ru/molitvoslov/index.shtml

я у своего не исповедуюсь, можно у монаха, первый и последний раз видишь, кроме того у него жизнь-молитва за всех.

... Аще отпустите на земли, отпустится и на небеси.. . Не знакомая фраза?
Исповедь должна быть искренной. Тогда она будет угодна Богу. Переборите свой страх перед исповедью, он от лукавого.
Сам вот пишу, и самому же стыдно. Ведь я еще бОльший грешник...

Перед исповедью читаются: три покаянных канона (Иисусу Христу, Божьей Матери Марии и Ангелу Хранителю) и последование к Причастию. Все это есть в православных молитвословах - почти в каждом! Тебе обязательно следует их купить! Обязательно читаются: вечером - вечернее молитвенное правило, утром, до причастия - утреннее.
Конечно, нужно наизусть знать Заповеди Ветхого Завета и понимать их смысл. И, знать Заповеди блаженства и понимать их смысл. Есть небольшие брошюрки в церковных лавках, они называются: "Построение исповеди" или "Как готовиться к исповеди". Не бури сразу толстые книги, возьми самую малую - начинать нужно с нее. Там все перечислено и разъяснено. Нужно попоститься (хотя бы, не есть мяса два-три дня до исповеди) . Зачем - потом узнаешь! Важно: довести свою душу до истинного и глубокого раскаяния в своих грехах. Чем искреннее - тем благодатнее во время причастия!
Читать Новый Завет, хотя бы то, что будет читать Церковь в грядущий день! Эти указания есть в календарях на целый год!
Написал много, но бери все это по свои силам! Главное, чтобы твоих сил хватило и на это, и на всю службу в Храме! Храни тебя, Господь! Разумность и в этих вопросах очень нужна христианину! Вразуми тебя, Господь!

Зачем при общении с Богом посредник в виде попа? Это не нужно.

Стыдно не перед Господом, а перед батюшкой. Зачем он тебе? обращайся сразу к Господу. Он не просил приходить к Нему через посредников. Или к Нему по записи?

Можно писать на листок. Получается кратко, лаконично, без лишних "интимных" фактов, и так как надо, т. е. , только о себе. Не получается фраз типа: "я украл то-то у соседки, ибо она ворует огурцы с моего огорода. " Да и батюшки воспринимают такой листок более искренне, серьёзно. Накануне стоим вечерню, утреню в храме, дома вычитываем каноны, последование к причащению, утренние молитвы. Порядок есть в любом хорошем молитвослове. 2-3 дня желателен пост. Сложность с листком бывает, когда повторяется один и тот же грех, а духовник давний и стыдно писать. Из книг - опыт построения исповеди, Крестьянкина

Проще зайти в церковь и спросить об исповеди. Вам дадут лист бумаги, на котором будет напечатана подготовка к исповеди.
Стыдно будет на суде перед Богом стоять. Лучше исповедоваться.

Также, когда молитесь, не будьте как лицемеры, которые любят молиться стоя в синагогах и на углах главных улиц, чтобы люди видели их. Истинно говорю вам: они уже получили всю свою награду. Ты же, когда молишься, войди в свою комнату и, закрыв дверь, помолись твоему Отцу, который втайне, и тогда твой Отец, наблюдающий тайно, вознаградит тебя. И когда молитесь, не повторяйте одно и то же, как люди из других народов, которые думают, что будут услышаны благодаря многословию.  Не уподобляйтесь им, потому что Бог, ваш Отец, знает, в чём вы нуждаетесь, ещё до того, как вы попросите его. (Матф. 6:5-17)

В молитве исповедуйся Богу