Почему Бог так поступил с мощами Моисея? (Второзаконие 34:5, 6)

Потому что на то была его воля.
Желаешь ее оспорить? )

Это кратко описано в главе 32:

48 И говорил Господь Моисею в тот же самый день и сказал:
49 взойди на сию гору Аварим, на гору Нево, которая в земле Моавитской, против Иерихона, и посмотри на землю Ханаанскую, которую я даю во владение сынам Израилевым;
50 и умри на горе, на которую ты взойдешь, и приложись к народу твоему, как умер Аарон, брат твой, на горе Ор, и приложился к народу своему,
51 за то, что вы согрешили против Меня среди сынов Израилевых при водах Меривы в Кадесе, в пустыне Син, за то, что не явили святости Моей среди сынов Израилевых;
52 пред [собою] ты увидишь землю, а не войдешь туда, в землю, которую Я даю сынам Израилевым.

Этот же эпизод подробнее разобран в 20-й главе книги Чисел:

8 Возьми жезл и собери общество, ты и Аарон, брат твой, и скажите в глазах их скале, и она даст из себя воду: и так ты изведешь им воду из скалы, и напоишь общество и скот его.
9 И взял Моисей жезл от лица Господа, как Он повелел ему.
10 И собрали Моисей и Аарон народ к скале, и сказал он им: послушайте, непокорные, разве нам из этой скалы извести для вас воду?
11 И поднял Моисей руку свою и ударил в скалу жезлом своим дважды, и потекло много воды, и пило общество и скот его.
12 И сказал Господь Моисею и Аарону: за то, что вы не поверили Мне, чтоб явить святость Мою пред очами сынов Израилевых, не введете вы народа сего в землю, которую Я даю ему.

а вы оспариваете Волю Божию? не слишком ли много вы на себя берете?

Так и змей на кресте (Нехуштан) тоже был уничтожен, потому что евреи умудрились и ему поклоняться.

Правильно будет так.
«После этого Моисей, служитель Яхве, умер там, в земле Моа́в, как повелел Иегова. 6 Он похоронил его в долине в земле Моа́в перед Беф-Фего́ром, и никто до сих пор не знает, где его могила.»

Потому что у апостолов был правильный учитель и они знали кому поклоняться, потому мощам и не поклонялись.

Не поклонялись, потому что идолопоклонниеами не были