Если во времена СССР в храме был клуб, считается ли этот храм оскверненным?

Перед открытием храм ведь освящают. Молятся.

некрополь не может быть осквернён

Очаг скверны осквернить невозможно!))

Государство и общество должны быть заинтересованы в воспитании не религиозных, а глубоко и всесторонне образованных граждан, владеющих современными научными знаниями и технологиями, активных, творчески ориентированных личностей, обладающих целеустремлённой волей, сознанием личной гражданской ответственности за происходящее в стране, способных обеспечивать социальный, духовный и экономический прогресс нации.

считается, что клуб был святым...

Да всё,что угодно: какая-нибудь контора, архивохранилище, картофелехранилище, авторемонт, насосная станция, а тем более свинарник (все вышеперечисленные варианты встречались...) — осквернение. Назначение храмов (у любой веры) — всё-таки молитва, общение смертных с богами... (У некоторых религий богов много.) Провели обряд по канону — всё,снова священное место.
Кстати: «Союзмультфильм» занимал две довольно старые московские церкви. Что в довоенные годы им смогли — то и выделили. Все советские годы особых вопросов, а тем более претензий, ни у кого, конечно, не возникало. А вот в начале 90-х, во время «обратной волны», явились отряды казаков (вооружённых) и вытащили на улицу буквально всё подряд: начальство, режиссёров, художников, ленты, оборудование... новое место пришлось подыскивать экстренно. При этом что-то из материалов (фильмофонд, а тем более то, что в разработке — рисунки, раскадровки, сценарии) вполне могло погибнуть! Объёмная анимация — пластилиновая и кукольная — в этом отношении ещё более хрупка... а буча там была неслабая — пока милиция не прибыла, людям даже личные вещи вынести не давали! Так что ради возрождения духовности ущемлять искусство, а тем более людей — это не дело! Даже грех. Ведь так?

Пришёл поп, кадилом махнул, водичкой брызнул. Всё, освятили.

да, считатся