Как мне быть, если мой воображаемый друг не верит в существование атомов и молекул? как ему доказать?

Для Вашего друга есть соответствующая история-притча:
К одному ученому пришел человек, желая чему-нибудь научиться; наставник познакомил его с чудесными откровениями микроскопа и телескопа, но тот рассмеялся и сказал: «Да это же галлюцинации, навязанные зрению стеклом, которое ты используешь в качестве промежуточной среды; я не поверю этим чудесам, пока не увижу их невооруженным глазом». Тогда ученый с помощью многих дополнительных данных и опытов доказал ему достоверность своего знания, но человек опять рассмеялся и сказал: «То, что ты называешь доказательствами, я называю совпадениями, а совокупность многих совпадений еще не служит доказательством; что же касается твоих опытов, очевидно, они проводились в ненормальных условиях и представляют собой некое безумие Природы». Ознакомившись с результатами математических выкладок, он рассердился и закричал: «Да это же обман, тарабарщина и суеверие; не хочешь ли ты уверить меня, что эти абсурдные каббалистические формулы имеют какую-то реальную силу и смысл?» Тогда ученый прогнал его, как безнадежного идиота, ибо не распознал собственной системы отрицаний и своего же метода негативного мышления. Если мы не желаем признать беспристрастное и непредвзятое исследование, мы всегда можем оправдать наше нежелание самыми убедительными и многословными доводами, или предложить такие методы проверки или условия работы, которые сведут результаты этого исследования на нет.

скажите, что если он не поверит, то атомы разбегутся

Он быстрее убедит тебя: что нет ни молекул, ни атомов. И над существованием протонов тоже усомнишься

Жуть какая-то. Но с этим надо справиться.
Я даже не в состоянии придумать доказательство.
А из чего тогда мы состоим. Из плотности. Из неразрывной материи. Тогда материя заполняет всё пространство. Не существует пустот. Значит не существует вакуума. Если все пространство заполнено материей, значит нет пустоты, нет вакуума.
Нет вакуума, значит нет и давления. Так как всё пространство -материя, без пустот, соответственно тогда нет не магнитных полей, нет таких понятий, как осмотическое давление, значит уже нет и возможности растворить одно вещество в другом, значит, что невозможно посолить суп, и невозможно кофе с сахаром.
Тогда получается, что даже нет возможности пить воду, ведь это тоже перепад давления.
В этом мире, с отсутствием пустот все стабильно и всегда одинаково, ничто никуда не перемещается и всегда находится в одном положении.

А может, стоит избавиться от воображаемого друга?