Откуда появилась вера в Богов, сверхъстественное, духов, призраков и т. д.?

От Человеческого эго и страха)

От непосредственного общения с вышеперечисленными...

От стремления душ человеческих

Существует анимистическая гипотеза. Она гласит, что религия придумана, чтобы объяснить неизвестные явления природы. (хотя природные процессы и сейчас в глубине не изучены)
Но эта гипотеза не объясняет существание всеобщей религиозности, что связано не с попыткой объяснения явлений, но внутренних чувств.
А вообще, религия была уже заложена еще в древних людях, неандертальцах. Не знаю, откуда она у них взялась.

Это рассказы Адама и Евы своим потомкам. Дошли и до наших времен. Иногда с искажениями, по принципу игры "испорченный телефон".

Всё очень просто. Это попытки древних объяснить как работает природа и природные явления, просто из инстинктов самосохранения, любопытства и страха перед неизвестностью. Законы физики, химии, биологии и тд тогда ведь еще не открыли, максимум до чего древние смогли додуматься - объяснить всё как действие могучих невидимых существ. Яхве, например, молнии пускал, Эл - ветер нагонял, Таммуз/Христос провоцировал рост пальм, винограда и других растений и тп.
Дальше логика тоже простая, если это живые разумные существа как люди, то, значит, с ними можно договориться. И понеслось - обряды, молитвы, ритуалы, жертвы - ради задабривания и благосклонности.
А с научными открытиями эти боги стали массово переобуваться, толковаться иносказательно. Например, когда узнали, как на самом деле образуется молния, как формируются тучи, ветер, и тд, то Яхве, Эл и другие боги вдруг стали некими абстрактными мистическими духами, универсумами, и вообще трансцендентными миру, - стали выдумываться ничего не значащие, высосанные из пальца теологические и философские термины - тут уже пошли опытки примирить древнюю чушь с реальностью.
Так и образовались все религии, а заодно и религиозная философия. Древнее мировоззрение стало адаптироваться под новые знания, маскироваться. И не удивительно, почему сегодня есть верующие физики и химики - они просто уже не видят где собака зарыта.

Вера это врождённый инстинкт.
Типа, пищевой, самосохранения, половой..
И вот, инстинкт веры в божественное (сверхъестественное)..