Почему в реальности мусульмане и христиане питают ненависть к верящему иного вероисповедания, а не к верованию,

Это свойство единобожия. Язычники сами верили в разных богов и уважали чужие верования и атеизм. А единобожие призывает к ненависти и вражде к другим верованиям...

От поверхностности своей веры. Где властвуют догмы там не властен Разум и Знание.

Это издержки монотеизма, заложенные в его принципы.
Если Б-г один, то кто же тогда Б-ги других религий?!
Впрочем Исус же сам громогласно объявил:" кто не со мной, тот против меня".
Ненависть идет как к самому вероисповеданию, так и к адептам-носителям чужой веры.

Это не к христианам, путаете что-то.

Как может у Бога и посланника Его состояться союз с многобожниками? (Исключаются те, с которыми вы вступили в союз у запретного мольбища. Когда они справедливы к вам, тогда и вы будьте справедливы к ним: Бог любит богобоязливых).
* Как может… когда они, если берут верх над вами, не соблюдают ни клятв, ни обязательств? Устами своими они высказывают свое расположение к вам, тогда как сердца их отказываются от того. Наибольшая часть из - злодеи.
* Они ничтожною ценою оценивают знамения Бога, и удаляются от пути Его: действительно, как злы дела их!
*В отношении верующего они не соблюдают ни клятв, ни обязательств: они - неправдивы.
* Но если они покаявшись обратятся, будут совершать молитву, будут давать очистительную милостыню, то будут вам братьями по вере. Мы излагаем эти знамения ясно для людей понимающих.
* Если они после сего союза с ними, нарушат клятвы свои и будут хулить вашу веру: то воюйте с вождями неверия (для них нет клятвы!): может быть, они будут сдерживать себя.
* Как не воевать вам с народом, который нарушил свою клятву, умыслил изгнать пророка? Он сам в первый раз напал на вас. Его ли бояться вам? Бога бояться более должно вам, если вы верующие.
* Воюйте с ними: Бог накажет их руками вашими, и посрамит их, даст вам победу над ними и исцелит сердца людей верующих;

Потому что они не дальновидные и вместо зрения в корень предпочитаю смотреть на следствие это самого корня!