Помогите с орфографией. Онлайн проверка выдает ошибку по правилу "опущено существительно в конце" на слове "цельные".

Не буду говорить обо всём тексте. Возьму только интересующее Вас предложение.

[Мы передаем всё], (что уже происходило); [события из прошлого] – [мы сохраняем их, смешиваем с другими событиями]; [эти субстанции как живые организмы, самостоятельные и цельные].

Это сложная синтаксическая конструкция (ССК), то есть сложное предложение с разными видами связи, состоящее из трёх частей (выделены грамматические основы – их 5):
❶ [МЫ ПЕРЕДАЕМ всё], (ЧТО уже ПРОИСХОДИЛО) – сложноподчинённое предложение;
❷ [СОБЫТИЯ из прошлого] – [МЫ СОХРАНЯЕМ их, СМЕШИВАЕМ с другими событиями];
❸ [эти СУБСТАНЦИИ КАК живые ОРГАНИЗМЫ, самостоятельные и цельные].

Я тоже не увидела здесь ошибки, кроме стилистических недочётов. Если во второй части этой ССК с подчинительной и бессоюзной связью всё оставить как есть, то тире нужно, хотя можно поставить и многоточие: [события из прошлого]… [мы сохраняем их, смешиваем с другими событиями].

Но оставлять нельзя – ни с тире, ни с многоточием. Текст у Вас научного стиля, а построение этой части характерно для стиля разговорного, так как фразы типа: события... их, история... она, учителя... о них – в научном стиле не употребляются, они являются ярким признаком стиля разговорного. Поэтому я рекомендую Вам убрать местоимение: [события из прошлого мы сохраняем, смешиваем с другими событиями].

Теперь по поводу онлайн-проверки, которая показывает, что опущено существительное в конце.

Оно не опущено, а перенесено вперёд. Это существительное ОРГАНИЗМЫ, являющееся определяемым словом, за которым следуют два одиночных обособленных определения САМОСТОЯТЕЛЬНЫЕ и ЦЕЛЬНЫЕ. Обособление, в устной речи интонационное, в письменной с помощью запятой, в данном случае обязательно, так как перед определяемым словом ОРГАНИЗМЫ располагается ещё одно определение, относящееся к нему, – ЖИВЫЕ.

Почему онлайн-проверка отмечает ошибку? Да просто потому, что в русском языке столько вариантов и вариаций, что разобраться в них может только человек. В онлайн-проверку разработчики многое заложили, она на самом деле часто помогает, но нередко рекомендует нам ошибочное написание, ошибочную расстановку знаков препинания, не видит определяемых слов при определениях, принимает за обороты, требующие обособления, конструкции, не являющиеся оборотами. В общем, в некоторых случаях нам надо хорошо подумать, а не следовать бездумно рекомендациям онлайн-проверки.

Но отмену: расположение согласованных определений после определяемого слова = это инверсия. Инверсия – одно из средств выразительности в разговорном, публицистическом и художественном стилях речи. Для научного стиля она не характерна, встречается чаще всего только в составных терминах, где определению предшествует определяемое слово (например, зверобой продырявленный, зверобой большой, зверобой чашечковидный, зверобой пятнистый и др. термины, обозначающие виды зверобоя). Поэтому я рекомендую в 3-й части ССК избавиться от инверсии: [эти субстанции как живые самостоятельные и цельные организмы].

Мы передаем всё, что уже происходило; события из прошлого мы сохраняем их, смешиваем с другими событиями; эти субстанции как живые организмы, самостоятельные и цельные. Иногда из них складываются идеи, это как постройка здания: фундамент уходит в прошлое, цепочкой; к чему-то первому передается неизменно; искажается под воздействием других идей (живых субстанций). Искажаются или нет, они выбираются по силе; пространство решает, кто сильнее из идей, и они занимают место в нём, смешиваясь, образуя что-то новое. Мы воспринимаем красоту, исходя из тех субстанций, которые в нас есть; они выбирают то, с чем им соединиться, чтобы стать более сильными, видоизмениться; люди, обладающие большим набором сильных субстанций, выбирают более сложные и сильные субстанции для соединения, поэтому они могут воспринимать более сложные вещи искусства. Более глубокими размышлениями ты физически ищешь, как соединить эти субстанции, крутишь их в пространстве, ищешь правильное положение; когда находишь - они врезаются друг в друга и ты осознаешь что-то новое. И это новое ты не понял, ты родил его в моменте; ничего подобного ещё не было, даже люди с похожими субстанциями всё равно не могли иметь их одинаковыми. Если у тебя были субстанции сильнее и ты соединился, то ты "понял больше", "стал умнее", "сильнее", потому что вселенная наделила тебя таким чином в этой игре; потому что ты физически занимаешь более сложную структуру в этом мире, ты соединен с большим количеством вещей, имеешь больший вес.

Пропущено много запятых, а слова "цельные" я не нашла...
И в вопросе ошибки - "знаки прЕпинания", "может - вводное слово, обособляется с двух сторон.

субстанции как организмы, самостоятельные и цельные
ПОДЛЕЖ
как организмы, самостоятельные и цельные
СКАЗУЕМОЕ

самостоятельные и цельные - обособленные определения в составе сказуемого. относятся к слову организмы