На что указывает нулевое окончание глагола?

Почему только прошедшее? Он берёт, возьмёт и т. д.

Хотя Вы пишете, что вопрос решён, я этого решения здесь не вижу.

«Я подумал, что оно указывает на прошедшее время глагола, 1л м. р. /2л м. р. /3л. мр в ед. числах. Верно ли это?»

Это верно лишь частично.

Что правильно? Что нулевое окончание глагола – показатель формы единственного числа мужского рода прошедшего времени изъявительного наклонения.

Что неправильно: глаголы в форме прошедшего времени по ЛИЦАМ НЕ ИЗМЕНЯЮТСЯ, они изменяются по числам, в единственном числе по родам: Я, ТЫ, ОН подумал (она подумала, оно подумало); мы, вы, они подумали.

По лицам глаголы изменяются в формах настоящего и будущего времени изъявительного наклонения:
1 л. я подумаЮ, возьмУ, берУ, готовлЮсь;
2 л. ты подумаЕШЬ, возьмЁШЬ, берЁШЬ, готовИШЬся;
3 л. он (она, оно) подумаЕТ, возьмЁТ, берЁТ, готовИТся.
Но в этих формах нулевых окончаний не бывает (окончания я выделила).

Кроме того, помимо изъявительного наклонения, у глаголов есть наклонения условное и повелительное. И в этих наклонениях тоже есть формы с нулевыми окончаниями.

ПОЛНЫЙ ОТВЕТ НА ВАШ ВОПРОС ТАКОВ:

Нулевое окончание глагола указывает на одну из трёх форм:
1) в изъявительном наклонении – на форму единственного числа мужского рода прошедшего времени (подумал_, взял_, брал_, приготовил_ся);
2) в условном наклонении – на форму единственного числа мужского рода (подумал_ бы, взял_ бы, брал_ бы, приготовил_ся бы);
3) в повелительном наклонении – на форму единственного числа (подумай_, возьми_, бери_, мажь_. приготовь_, готовь_ся). Напомню: в единственном числе повелительного наклонения есть формообразующий суффикс – либо нулевой (подумай, приготовь), либо -И (возьми, бери), а форма множественного числа образуется путём замены нулевого окончания окончанием -ТЕ (подумай_ – подумайТЕ, бери_ – бериТЕ, готовь_ся – готовьТЕсь).