Как могли топонимы Эстонии с окончанием "А" стать несклоняемыми, вместо того, чтобы быть 1-го склонения?

На самом деле традиция не склонять эстонские топонимы берёт из местной особенности на этот счёт по отношению к местам, где в Эстонии живёт мало русских (видимо переняли от местных эстонцев, которые в разных населённых пунктах сильно по-разному имеют возможность изучить русскую грамматику досконально и говорящих по-русски с большими грамматическими ошибками). Кстати многие эстонцы владеющие русским на приличном уровне, не редко игнорируют рода. Например - "кошка прыгнул", "поезд поехала" и т. д. Но до того чтобы уже и на этот уровень опустится, даже в местах где русских совсем мало, русскоязычные не скатились.
По сему эстонские топонимы в городах и посёлках где русских много – склоняются как это и положено по правилам русской грамматики. Нарву склоняют всегда, Локсу, Валгу и Клоогу в значительном числе случаев, Кейлу редко, а Раплу и Пыльву практически никогда.
Местная специфика, не имеющая никакого отношения правилам русского языка.
По сути вопроса – вы правы, а некая "Лилия Мороз" безграмотная идиотка. Это я как житель Эстонии говорю.

1.5. Иноязычные топонимы, оканчивающиеся на гласный -а, испытывают значительные колебания в склоняемости:

многие заимствованные географические названия, освоенные русским языком, склоняются по типу сущ. жен. рода на -а ударное, например: Бухара, -ы; Бугульма, -ы; Анкара, -ы;
не склоняются французские по происхождению топонимы с конечным ударением: Юра, нескл. (горы — Франция; Швейцария);
склоняются японские географические названия, оканчивающиеся на -а безударное: Осака, -и; Йокосука, -и [ё];
А ВОТ ЭТО ДЛЯ ТЕБЯ: не склоняются эстонские и финские наименования, оканчивающиеся на -а, -я безударные: Савонлинна, нескл. (гор., Финляндия); Ювяскюля, нескл. (гор., Финляндия); Сааремаа, нескл. (о-­в, Эстония);
испытывают колебания при склонении абхазские и грузинские топонимы, оканчивающиеся на безударное -а. В Словаре приводятся в склоняемом варианте названия: Шxapa, -ы (г. — на границе Грузии и Кабардино-Балкарии, РФ); Очамчира, -ы (гор., Респ. Абхазия); Гудаута, -ы (гор., Респ. Абхазия);
не склоняются сложные географические названия на -а безударное, заимствованные из испанского и других романских языков: Баия-Бланка, нескл. (гор., Аргентина); Баия-Лaypa, нескл. (гор., Аргентина); Херес-­де-ла-Фронтера [рэ, дэ, тэ], нескл. (гор., Испания);
склоняются как существительные сложные славянские названия, являющиеся существительными при наличии словообразовательных признаков прилагательных, например: Бяла-Подляска, Бяла-Подляски (гор., Польша); Банска-Бистрица, Банска-Бистрицы (гор., Словакия); Зелёна-Гура, Зелёна-Гуры (гор., Польша);
склоняются обе части в наименованиях со словом река, например: Москва-река, Москвы-реки, на Москве-реке и др. Но в разговорной речи встречаются случаи несклоняемости первой части этих сочетаний: за Москва-рекой, на Москва-реке и т. д. Однако такое употребление не соответствует норме литературного языка.