Есть ли на чеках, выданных магазином, банкоматом какие-либо водяные знаки? Или чеки - это филькина грамота?

ага.. .
и металлическая полоска.... +шесть степеней защиты.. .
купил в ларьке пепси за сороковник и ещё отдал сороковник, что б получить чек не филькину грамоту (чек выйдет по себестоимости чуть ли не дороже пепси)

нет
более того - я давно заметила что все эти чеки быстро приходят в негодность и становятся нечитаемыми абсолютно
даже если просто лежали в ящике стола и никто их не трогал

Там есть главное - дата покупки и название магазина (или фамилия ИП) . Чтобы подделать их, нужен другой кассовый аппарат. Но до такого никто еще не додумался )) Поэтому чеки - не филькина грамота, а как раз то, что поможет доказать свою правоту, в том числе в суде.

А зачем? В случае надобности экспертиза установит с какого аппарата выдан чек.

Они печатаются на термобумаге, указывается время операции-сложно подделать, только специалисты... Есть логотипы банка, правда не знаю у всех ли ...

Если производитель будет такие знаки наносить, то они будут на чековой ленте. Но гораздо дешевле и проще наносить на обратную сторону обычную информацию о предприятии или банке.
Обычно в устройствах печати используется термобумага, изображение на которой формируется посредством тепла. На "фискализированном" аппарате ( т. е. прошедшем регистрацию в налоговой инспекции ) печатается буква "Ф" и несколько цифр, идентифицирующих покупку ( номер транзакции, номер документа, номер ккм или номер терминала ), по которым можно найти этот чек в электронной памяти фискального аппарата. Фискализированный чек - это не филькина грамота, а документ финансовой отчетности, подтверждающий факт платежа.

есть регистрационный номер кассового аппарата

По банкоматам. Там есть номер операции, номер терминала, время транзакции и адрес банка.
По ним обратившись в банк вы можете всю информацию о проведении операции по снятию денежных средств.
Кстати, именно этим пользовались мошенники. Очень остроумно.

водяных знаков нет. чек - это подтверждение совершения платежа

Кассовый чек - это кусочек термобумаги, подтверждающий, что такого-то числа, в такое-то время кассовый аппарат продавца зарегистрировал факт продажи товара на N-ную сумму. Термобумага находится в свободном обращении, ее можно купить в любом канцелярском магазине, поэтому какие тут могут быть водяные знаки? Но и филькиной грамотой не стоит обзываться, так как на каждом отдельном чеке обязательно прописываются реквизиты организации-продавца (как минимум полное название и ИНН) и номер ККМ, под которым она зарегистрирована в налоговой. Так что и без водяных знаков для комитета по защите прав потребителей фискальный чек может быть очень весомым аргументом.