А почему верховный главнокомандующий почти 5 лет держал на посту министра обороны некомпетентного человека?

Все-то тебе разжеваывать нужно... Почитай Макиавелли.
======
Эта часть действий герцога достойна внимания и подражания, почему я
желал бы остановиться на ней особо. До завоевания Романья находилась под
властью ничтожных правителей, которые не столько пеклись о своих подданных,
сколько обирали их и направляли не к согласию, а к раздорам, так что весь
край изнемогал от грабежей, усобиц и беззаконий. Завоевав Романью, герцог
решил отдать ее в надежные руки, дабы умиротворить и подчинить верховной
власти, и с тем вручил всю полноту власти мессеру Рамиро де Орко, человеку
нрава резкого и крутого. Тот в короткое время умиротворил Романью, пресек
распри и навел трепет на всю округу. Тогда герцог рассудил, что чрезмерное
сосредоточение власти больше не нужно, ибо может озлобить подданных, и
учредил, под председательством почтенного лица, гражданский суд, в котором
каждый год был представлен защитником. Но зная, что минувшие строгости
все-таки настроили против него народ, он решил обелить себя и расположить к
себе подданных, показав им, что если и были жестокости, то в них повинен не
он, а его суровый наместник. И вот однажды утром на площади в Чезене по его
приказу положили разрубленное пополам тело мессера Рамиро де Орко рядом с
колодой и окровавленным мечом. Свирепость этого зрелища одновременно
удовлетворила и ошеломила народ.
======

Сердюков был нужен для одного весьма деликатного дела - преодолеть сопротивление старых кадров военной реформе. Он собрал на себя весь негатив и ушел. Теперь пришел Шойгу и вроде как - все путем, но дело сделано.
Злой и добрый следователь, цикл Карно в Холодильнике и т.д.

Да там все такие

Настолько уж некомпетентный? С точки зрения старых пердунов и шпаков - да. А две трети его реформ в силе, оставшаяся треть "подправлена", в ожидаемом ключе. Одного навыка ему не хватало - давать пинка для ускорения. На смену в должный момент пришел административный талант, чтобы закрепить успех прошлого правления. Как и было задумано. У каждого свой потенциал.

Откаты от министра на верх тоже никто не отменял.

Он не некомпетернтный. Он вор

Дельный совет: Никогда не задавайте свой вопрос с префикса "А"..