Что делали с еретиками в средние века?

По разному. Зависело от того, из какого сословия будешь. Работяг да крестьян плетьми пороли, штраф небольшой накладывали. Владелец небольшой мастерской мог кроме плетей потерять штрафом половину своего нажитого. Владелец крупного землевладения с наёмными работниками, кроме плетей, мог потерять до 90% всего нажитого. Ну а дворянин ...по полной: лишали звания, конфисковалось всё, родовой герб уничтожался, родных и близких по тюрьмам и ссылкам, а самого еретика - на костёр. Инквизиторы были далеко не дураки и зря рабочий люд не истребляли.

Выдавали "Грин карту" и загранпаспорт в костер.
Все за счёт церкви.

на костер.

"даже добротный дом станет непригодным, вредным для жилья, если его поглотит плесень. ересь это плесень поглощающая устои добротного дома на фундаменти церкви",- вот потому еретиков изолировали от общества, в том числе, высшей мерой социальной защиты смертной казнью. общества снедаемого междуусобицами, эпидемиями, экономическими кризисами, - удерживаемого от коллапса только церквью. многие еретики нашли кров под сенью церкви. их имена известны лишь по их эпохальным, передовым научным и значимым в культуре человеческой цивилизации достижениями. были и исчезнувшые в огне инквизиции, зачищавшей "плесень",- большая часть их были майданутые (тому свидетельство мнение врачей судебно психиатрической экспертизы далеко прошлых времен, это не только Чезаре Ломброзо). (преследование исторических личностей Джордано Бруно, Галилей - представлено заявлениями церкви в наше время.).. посуществу вопроса. только в средние века, еретика ожидали либо кров церкви, либо преследования и даже казнь.

Кто во что горазд, это свои разборки, внутри церковной секты.