Допустим есть некий 101 артиллерийский полк. А где полк под номером 100 или 99? Почему так называют?

Ахааххха: ТУ 154, а где ТУ 153, 152, 151?

врагов путают

Полкам трехзначные номера присваивают. Как вариант должны были бы быть 001, 002, 003.
К примеру ты не найдешь автомобильные номера 1,2,3, но есть 001, 002, 003.

вопрос к главнокомандующему вооруженных сил России.

Сотый могли расформировать - из-за больших потерь осталось мало личного состава, а 99-й пополнил состав новосформированной дивизии и стал 1-м. ))

Это еще с 1945 названия

Вариантов - вагон и маленькая тележка)

Нумерация:
- осталось после ВОВ;
- в РККА нумерация изначально указывала на очередность формирования, но во время войны новым дивизиям давались номера уничтоженных;
- дезинформировать вражеские силы;
- присваивали номера, чтобы не совпадали с номерами других частей - других родов войск, то есть сквозная нумерация исключающая совпадения;
- и так далее...

Абсолютно такая же ситуация с - ЗАТО - Закрытое административно-территориальное образование - административно-территориальное образование, в границах которого расположены промышленные предприятия по разработке, изготовлению, хранению и утилизации оружия массового поражения, переработке радиоактивных и других материалов, военные и иные объекты, для которых установлен особый режим безопасного функционирования и охраны государственной тайны, включающий специальные условия проживания граждан.

Иногда такие города называли «почтовые ящики» по аналогии с расположенными в них предприятиями, которые не имели конкретного адреса, а только номер почтового ящика, на который и отсылалась вся корреспонденция. Закрытые города не только отсутствовали на картах, их не было и в официальной статистике: при переписи населения жителей «почтовых ящиков» приписывали к крупным городам, неподалёку от которых они находились. В целях конспирации ЗАТО чаще всего и назывались так же, как и районы, в которых они располагались: Челябинск-40, Томск-7, Красноярск-26, Сальск-7 и т. д.

Личной мой город, откуда я родом, был не почтовым ящиком, а станцией "такая то" - на карте его не было, лишь наименование железнодорожной станции и всё) И номер был тоже взят с потолка, но также и был почтовый ящик (п/я) у жд станции - куда шла вся корреспонденция

Это традиция. Существующие полки имеют историю и сохраняют свои наименования с давних времен. Кроме этого, присваиваются за боевые заслуги и почетные наименования - например "157 отдельный ордена Боевого Красного Знамени горнострелковый минометный ишачно-вьючны батальон имени Октябрьской Революции".

что бы врага запутать, так же было всегда с номерами воинских частей

Артиллерийские полки — это подразделения артиллерии, которые могут входить в состав дивизионов или быть отдельными воинскими частями. Они называются по номерам для удобства идентификации и командования. Номера полков могут быть присвоены по разным принципам, например, по порядку формирования, по принадлежности к определенному соединению или региону и т.д.

Чтобы никто не догадался почему.