почему при выключении компа он долго думает около 2-3 минут

Как ускорить завершение работы Windows
Изменять записи реестра или добавлять новые могут не только программы, но и сами пользователи. Загляните в реестр и попробуйте применить следующий прием, который влияет на скорость завершения работы Windows XP и Vista. По умолчанию всем программам на завершение работы отводится 20 с, но многим приложениям требуется гораздо меньше времени. Дайте Windows команду закрывать программы по прошествии 4 с, чтобы ускорить выключение ПК.
Мы в данном примере шаг за шагом поясним, как выполнить необходимые изменения. В точности соблюдайте все указания, так как малейшая ошибка может вывести из строя как саму операционную систему, так и установленные в ней приложения.
1 Удерживая клавишу Win, нажмите R. В появившемся окне введите команду «Regedit» и нажмите на кнопку OK. В Vista вам потребуется дополнительно щелкнуть по кнопке «Продолжить» .
2 В открывшемся окне раскройте раздел «HKEY_LOCAL_MACHINE», а затем – подразделы «SYSTEM» и «CurrentControlSet».
3 Щелкните по подразделу «Control» — справа появятся все параметры этого подраздела. Выполните двойной щелчок по параметру «WaitToKillServiceTimeout»
4 Если в открывшемся окне уже указано значение «4000», то в этом случае совет будет для вас закончен. В противном случае введите значение «4000», щелкните по кнопке OK и по X. Выполните перезагрузку Windows — теперь система будет быстрее завершать свою работу. -

проверяет и чистит файлы

Много программ в автозапуске.

Может и дольше даже. Эта шайтан машина сохраняет данные. Можно и отключить

Запущенно много программ, и забит доверху мусором.

потому что много процессов выполняет. Жмите кнопки Ctrl+Alt+Del и откроется меню Диспетчер задач Windows.Там и смотрите процессы и прочее.