Файл и файловые системы.

Если вы перемещаете файл из одной файловой системы в другую, то ОС меняет структуру файла для новой ФС, естественно. Но только если эта ОС знает все ФС, с которыми вы заставляете её работать. Например, для CD-R используется своя ФС, которая для винтов не используется. Тем не мнее, это не мешает ОС переписывать по запросу файлы с болванки на винт со, скажем, NTFS или FAT. Если вы переписываете файл с ФС, имеющей "пермиции" в ФС, их не имеющую, то они исчезают. Остаётся только файл. ОС задаёт ему все параметры по-умолчанию для новой ФС. Для Linux'овых ФС это определяется umask'ом. Если файл в NTFS имеет какие-то настроенные пермиции и вы переписываете его в ext4 при помощи какого-нибудь дистрибутива Пингвина, то Пингвин смотрит свои настройки umask и задаёт разрешения новому файлу по ним, при этом все "пермиции" NTFS просто теряются, исчезают. Ведь, пермиции сохранены НЕ В ФАЙЛЕ, А В ЗАПИСИ ФАЙЛОВОЙ СИСТЕМЫ ДЛЯ ЭТОГО ФАЙЛА, а эти записи в описанных мною случаях не перемещаются (между такими ФС, как ext4 и NTFS).

Файлы не меняются при переносе из одной ФС в другую. Изменяются лишь способы его чтения и записи и атрибуты. Так что можно спокойно переносить.

если две оси одна линукс вторая винда то переносится без проблем если флешка то у меня линукс просто тупо взял отформатировал влеху без запроса и вся инфа крякнулась

вообще главное, какое расширение имеет сам файл. Если это расширение будет прочитано и в Windows и в Linux тогда ноу проблем.