у меня стоит две винды на С и Е, как мне отформатировать диск С через биос?

Загрузочная область в любом случае на диске С, отформатируешь и, не букдет работать и система на диске Е.. . Отформатировать диск С ни одна система не позволит.. . Другое дело, если жесткий диск не один, тогда проблем вообще не будет...

Ребят, вы задрали своим "отформатировать диск С через биос", "установить windows через BIOS", что ж так неймется? Что вам бедный BIOS, в суп попал? !
Ну, не форматируют и не устанавливают "через BIOS"! Максимум, причем он здесь - переставить приоритет загрузки - на привод, потом назад на хард!
Касательно вопроса - зависит от того, что за системы и в каком порядке ставились. Если на E стоит более свежая версия windows, то форматируйте из-под этой системы. Тогда система на диске E останется рабочей. Правда, список систем для загрузки придется редактировать вручную. Как - зависит от версии системы.
Если на E стоит более старая версия windows, то форматировать из-под этой системы один фиг можно, только она после перезагрузки запросто может стать нерабочей (загрузчик более новой системы она не поймет) , соответственно, придется восстанавливать систему (или только загрузчик) , и, возможно, также редактировать вручную список систем.

Только бооольшим магнитом

зачем тебе BIOS? грузи ОС с диска Е - форматируй диск С. Хотя сперва посмотри где boot.ini лежит

Существует отличная программа Acronis Disk Director Suite