Ubuntu (GRUB)

Ни в коем случае не пользуйся советами, которые тебе дали - их авторы идиоты (ну, кроме первого, но он ничего существенного не сказал) . При установке Бубунты на отдельный диск, который не является системным (а он не является, Винда то на другом) , надо обязательно указать, что загрузчик Убунты надо ставить на системный диск (в твоем случае на С: , в Бубунте он будет наверное sda). И не бойся, GRUB перед установкой аккуратно проверит есть ли на диске кроме него что нибудь еще, и если обнаружит загрузчик Винды, то пропишет его к себе. А вот если ты не укажешь куда ставиться ГРУБу, то он по умолчанию встанет на диск Е, но системный то у тебя С, и поэтому Бубунта грузится не будет.

Отключи диск с Windows перед установкой.
И не желательно его подключать и потом - GRUB тут же обнаружит загрузчик Windows. Ничего страшного. В теории. На практике - могут быть косяки.

И не скажется ли это плохо, если я буду на Ubuntu лазить по диску C\D
Если только на чтение - нет. Если что-то сохранять - значительно возрастает фрагментированность.

Устанавливая укажи куда ставить загрузчик - Е
А в биосе временно установи загруз с этого диска

Там прямо в шапке про GRUB.
http://ubuntologia.ru/