Как отделить звуковую дорожку от видео?

MKVtoolnix (MKVmerge) позволяет добавлять или удалять видео, аудио, субтитры. Работает с любыми форматами.

Любым видео-редактором. Из простеньких бесплатных н-р VirtualDub может. http://www.virtualdub.org

Формат целиком и полностью зависит от того что Вы хотите добиться. DVD видео (vob), mp4 или avi с DivX/MP3 их большинство устройств понимает.

Если хотите хранить две дорожки - стоит посмотреть в сторону mkv - но его далеко не все понимают.

Без потери качества, простая резка/склейка и разбиение на потоки аудио-видео:
VirtualDubMod 1.5.10.2- для ави
MKVtoolnix- для мкв
MPEG Video Wizard -mpeg совместимых
SmartLabs tsMuxeR - для AVCHD
http://www.ixbt.com/divideo/avchd-2.shtml#1
C потерей качества - любой современный видеоредактор

Видимо, суть вопроса понял только я)) )
Вам нужно не заменить звуковую дорожку, а переозвучить ее, верно?

Давайте начнем с главного: в каком формате идет звуковая дорожка в видео?
Если это mp3 или, какой то другой формат, поддерживающий не больше 2-х каналов - задача будет весьма сложновата. Удалять голос придется методом "извлечения центрального канала", то есть, блокировки определенного диапазона частот. С этой задачей, неплохо справляется программа Adobe Audition. НО! Это работа очень сложная и требует некоторых знаний в области обработки звука. Более того, извлечь ненужный диапазон, не задев нужного практически невозможно. В результате Вам будет обеспечена потеря качества звука (((
Если имеется формат многоканального звука, например AAC - возможно, все будет не очень сложно. Могу подсказать, как это делается в Sony Vegas. Импортируете Ваш фильм в программу. При перетаскивании видео на таймлайн у Вас развернется соответствующее число каналов аудио (я эксперементировал с AAC) Наибольший диапазон голосовых частот, обычно, положен на один канал. Поочередно отключая каждый из каналов, найдите нужный (при его отключении голоса будет практически не слышно) . Далее, удаляете звуковой клип с этой дорожки, а вместо него вставляете свой. Настраиваете громкость звуковых дорожек, так, что бы озвучка не была слишком громкой или наоборот тихой.
Ну а дальше, соответственно, рендерите либо отдельно звуковую дорожку, либо сразу весь фильм.
Вроде так...