То, что в автозагрузке одна программа, ничего не значит.
У винды мест, откуда грузятся проги при ее старте, как у бобика блох.
Причем стандартный msconfig далеко не все показывает.
Скачайте бесплатную не требующую установки в систему программку Autoruns она покажет все, ищите в ней и удаляйте лишнее, хелперы, апдейтеры, лянчеры, лишние ShellExtention и пр. надстройки к эксплореру, по непонятным ищите справку в инете по названию.
Эта прога тоже собственность микрософт после покупки ими Sysinternals, но не афишируют, хотя на странице проги сами поросята пишут
"Вы, вероятно, удивитесь, как много исполняемых файлов запускается автоматически! " - уж давно удивляемся...
http://technet.microsoft.com/ru-RU/sysinternals/bb963902
P.S. Проверить процессы svchost.exe на их безопасность можно этой прогой, хот и не 100% все отловить может.
http://www.filecheck.ru/freeware/svchostviewer.html