Можно ли произвести низкоуровневое форматирование из-под винды на 2м физическом диске вот этой прогой?

если HDD Low Level Format Tool, то можно

А HDD Low Level Format Tool пробовали?

это можно сделать в управлении дисками и не искать приключений
При очистке диска SATA или ATA (IDE) удаляется 100 % данных. Предварительно убедитесь в наличии резервной копии всех данных.
Лучше всего использовать команду "Полное удаление данных служебной программы SeaTools для DOS", если речь идет о жестком диске Seagate. В BIOS некоторых систем есть возможность низкоуровневого форматирования, но из-за непредсказуемости результата ее не рекомендуется использовать.
SeaTools for DOS можно скачать с домашней страницы SeaTools. Она включает три возможности очистки (полного удаления данных). Команда "Полное удаление данных" заполняет нулями все секторы данных на диске и устраняет большинство дефектов.

В процессе стандартной загрузки SeaTools для DOS создается загрузочный CD или дискета. Загрузитесь с CD или дискеты, чтобы запустить SeaTools для DOS. После этого полезно проверить диск. Короткая базовая проверка занимает меньше минуты. Длинная базовая проверка может занять несколько часов в зависимости от емкости диска. Подготовившись к очистке,
knowledge.seagate.com--тут посмотри

Бэды вылечит немного не эта программа а проверка диска на наличие ошибок. Для этого нажать правой кн. на диск С - свойства - перейти на "сервис". - нажать "выполнить проверку" появятся две опции: 1.Авто исправление системных ошибок и 2."Восстанавливать повреждённые сектора" поставь на них галочки и нажми "Запуск" Тебе предложат перезагрузку. Соглашайся.

Я недавно делал.

Низкоуровневое форматирование это красивое название для того что должно происходить при удалении информации, быстрое удаление информации происходит путем стирания адресов ее нахождения на диске, т. е. место считается свободным и на нее пишется новая информация, т. е. простое удаление оставляет шанс восстановить информацию полностью. Но если на ее место что либо записать, то ее уже не будет. Принцип работы подобных программ замена информации на свою информацию (нули или единицы, пофиг), это вполне достижимо на виндоус)