Многие есть фанаты MKV и советуют конвертировать в этот формат? А в чем его преимущество перед AVI H264?

H.264 это стандарт сжатия видео.
MKV и AVI это контейнеры.

т. е в контейнере MKV может быть видео формата H.264 (чаще всего так и есть).

1) AVI коммерческий, с закрытым исходным кодом. А MKV открытый
2) В MKV можно запихнуть видео разных форматов: MPEG, H,264, WMV и др.
3) Контейнер MKV легко редактируется, можно извлекать/добавлять аудио/видео без переконвертирования
4) MKV хорошо подходит для файлов большого объёма. Фильмы по 30-50 Гб нормально идут.
5) Переключение субтитров «на лету
6) Быстрая перемотка по файлу.

>>AVI универсальней

ровно наоборот.

"не совсем корректно в AVI реализована синхронизация аудио потоков с переменным битрейтом, который даёт колоссальный прирост качеству звука, но часто даёт неприятный эффект рассинхронизации в AVI. В том числе контейнер категорически не поддерживает такие замечательные форматы компрессии звука, как AC3-VBR, OGG или новейший AAC.

Контейнер .mkv разрабатывался с учётом современных тенденций и возможных тенденций будущего. Он абсолютно универсален, так как построен на принципе EBML (то же самое, что и XML, но для двоичных данных).
В .mkv можно запихнуть любое количество аудио-видеорядов, меню как на DVD, главы, субтитры, шрифты, постеры, тексты, комментарии, описания, фотоальбомы и проч. Ограничений практически нет. Максимальная совместимость со всеми возможными требованиями к видеоконтейнеру на данный момент и на ближайшее будущее. "

PS
сам несколько раз переделывал MKV в MKVtoolnix (запихивал чужие звуковые дорожки, удалял лишние). Никаких тебе перекодирований, просто пересобирается контейнер.

Это не формат, это контейнер.
Больше позволяет. Из вкусностей - позволяет хранить сабы и аудио для большого количества стран.