Как можно ставить на рабочие станции с разным железом один стандартный набор программ?

Смотря, сколько этих программ... если немного, то (бесплатное):

1. Inno SetUp + Inno Script Studio. Оно, собственно, для сборки инсталяционных пакетов предназначено, но загнать туда набор готовых инсталяторов, тоже не вопрос.. в Script Studio - там и "визуально" все настраивается и debug есть...

2. AutoIT. Достаточно простой "системный" язык программирования. Там тоже можно собрать некое подобие "инсталятора" (все запишется в один exe-файл) и достаточно гибко настроить. Но не визуально, все кодом и ручками.

и в процессе установки, придется подкладывать файлы с готовыми настройками туда, куда будут программы установлены.

Токо вот, в обоих вариантах, тебе придется и для x86 и для x64 и всякие dotNet-ы и иже с ним загонять, чтоб все работало. Т. е. пишешь скрипт, допустим, для варианта 1. Там указываешь, что такой-то вариант ставить, если система x86, такой-то если x64, такой-то если Windows XP, такой-то, если Vista+...и т. д. и т. п.

И если много, то таким макаром ставить - апстену убьешься скрипты писать...

Кажется, все ж таки проще будет, если это на работе, запилить WDS-сервер и устроить "разлив" образов по сети, с предустановленными программам.. Ну, вернее, на первом этапе не проще, изучать придется, но потом жизнь сильно упростит
-----------
Да, есть еще вариант, типа "переноса установленных программ".. что-то в этом духе "pickmeapp"
http://winsetting.ru/pickmeapp-skachat-besplatno-pickmeapp.html (попадались и еще подобные)... но не юзал, не было нужды