Чем отличается основной диск от логического? Если я разобью хард на 3 логических диска без основного, то чем это хуже?

основной - тот на котором будет система стоять

Сейчас, действительно, разницы уже нет. Это раньше система могла ставиться только на основной раздел. Фишка в том, что логические диски можно создать лишь внутри расширенного раздела. Но основных разделов на одном диске может быть всего 4 (разметка MBR). А логических дисков внутри расширенного раздела можно создать больше. Так что, если вам нужно иметь более 4-х логических дисков в системе, то делайте основной + расширенный разделы, внутри которого создавайте логические диски.

Зачем?

Так.. начнем с начала: Физический - это сам диск, кусок железа к которому подключены провода. Он един, у него внутри вся память конструктивно объединена в систему. Это полный объем. Логический диск - разделение этого внутреннего объема на требуемые части, которые выбираются из целевого назначения раздела. Логический он потому, что физически это всё ещё одна железка, но с несколькими условными областями памяти. Они все, в целом, идентичны. Может там быть и основной (активный) - это точно такой же логический раздел, но имеющий загрузочный сектор, который завязан на запуск ОС. Любой из разделов можно сделать основным (сейчас, раньше рекомендовалось делать первый). Делается это перед установкой само, когда вы выбираете куда ставить. Так, при загрузке основной раздел сам создается из указанного логического. Существующий до этого "Основной" был таковым, потому что там уже стояла ОС и раздел был помечен как загрузочный для неё, либо раздел заведомо и нарочно сделан активным (основным). В просто свободном от любых ОС диске будут просто логические разделы без каких-либо отметок.

Вся суть же отделения ОС в какой-то особенный раздел, заключается в вынесении всей ОС в отдельную область с целью минимального перемешивания данных пользователя и операционной системы. При размещении на отдельном логическом диске (но одном физическом) при "смерти" операционной системы все данные на остальных разделах останутся как были и ничего кроме переустановки/восстановления на тот же самый раздел не нужно. Однако, при "смерти" самого носителя (железки) потеряете всё вместе с данными. Чтобы так не было, ОС ставится на выделенный физический диск (теперь это часто SSD) и тогда данные будут абсолютно независимы от состояния ОС и её диска.

Ничего не теряешь. Винда сама разберётся.