Если речь об общедоступном видео, то обращаю Ваше внимание, что возможно уже есть торрент с нужным форматом.
Есть множество способов конвертирования видео. Для форматов сжатия с потерями видео наиболее распространено задания задающие отношение качества к битрейту в видео: qp, 1 pass, 2 pass, crf. Возможны и другие параметры quantizer для разных форматов. Это важно для Вас с точки зрения битрейта. Математика проста, Вы берете пропускную способность всех устройств южного моста (ЦП, ОЗУ, видеокарта) и жесткого диска и сравниваете их с битрейтом источника и результата. Параметр qp для Вас интересен с точки зрения возможности уменьшить битрейт результата (данный параметр позволяет как бы вместо фиксированного битрейта использовать "фиксированное качество картинки" и переменный битрейт соответственно), что сократит и общее время кодирования. Вероятно, наиболее слабое место - самый старый диск на 500 Гб. Его следует проверить на плохие или медленные сектора, скорость чтения (которую можно сравнить с битрейтом исходника) и проверить в диспетчере устройств не понижен ли системой DMA у этого диска.
В качестве альтернативы текущем дискам для видео предлагаю рассмотреть пурпурные (можно еще красные или даже черные глянуть) линейки от WD (возможно, имеет смысл сравнить цены в немецких интернет магазинах, ebay, nix и пр.). Также на логическом диске распределенным под различное результирующее видео предлагаю использовать кластеры максимального размера.
Если обрабатываемое видео получено с камеры, то логичнее использовать в качестве источника ее карту памяти, которая и заточена по скорости под видео (имеет класс 10).
Кстати, если у Вас есть аккаунт google, то Вы также можете в настройках google фото установить сжатие для всего контента и для форматов MPG, MOD, MMV, TOD, WMV, ASF, AVI, DIVX, MOV, M4V, 3GP, 3G2, MP4, M2T, M2TS, MTS и MKV с разрешением не более Full HD получить на выходе mp4, которые еще и лежать в этом облачном безлимитном (только для сжатых файлов) хранилище будут.
Если Вы осилите FFmpeg (например, с оболочкой axiom gui или HandBrake), то сможете также использовать параметр Preset, который устанавливает скорость кодирования. Так Вы сможете сильнее нагрузить устройства южного моста для более тщательного сжатия, что увеличит нагрузку на процессор/ускоритель и почти незначительно снизит нагрузку на диск.
Это-же видно самым наглядным образом... правильный вариант - три ФИЗИЧЕСКИХ SSD веника: с одного чтение, на втором система с файлом подкачки, на третий пишем. Вот тогда скорость может упереться во что-то другое.
Процессор далеко не всегда грузится полностью, а иногда и вовсе не грузится (когда выбран кодек с поддержкой аппаратного ускорения видеокартой - тогда видеокарта работает, а не ЦП). Загрузка процессора почти полностью зависит от кодека, далеко не все кодеки могут полностью загрузить многопоточные процессоры.
И да, ЖД может быть узким местом, особенно когда много видео в несоклько потоков кодируется и вдвойне "особенно" если исходник и конечный файл находятся на одном ЖД. Ключевое тут кол-во исходных потоков и их битрейт.
Товарищ Eternally Against ответил выше совершенно правильно, но, нужно заметить, в Вашем вопросе не хватает подробностей.
Например, конкретные характеристики железа, операционная система, и т. д.
