Когда в Linux удаляешь программы ...много ли остается не удаленного мусора и хвостов?

Если в удалённй проге было много зависимостей, вспомогательных и переходных пакетов.
Чистка остатков:
sudo apt clean
sudo apt autoclean
sudo aptautoremove

да нет. ubuntu-cleaner поставь если хочешь

мусор и хвосты у тебя в голове, среди мякины, которая её наполняет.
Ты, видимо, из дегенератов, которые считают, что на винде надо "чистить реестр", "ставить драйвера драйверпаками", "обновлять драйвера".
Открою тебе тайну, зайчик, даже на венде в реестре нету "мусора". Там есть НЕИСПОЛЬЗУЕМЫЕ записи, которые НИКАК не влияют на работу систему, тк НЕ ИСПОЛЬЗУЮТСЯ, а весят они несколько байтов. ты даже место не освободишь, удалив их. И запускать для удаления таких записей вредоносную программу, которая может порушить реестр и удалить системные файлы - это надо быть очень неумным человеком.

с такой психологией сиди ко ты на венде. На линуксе чище будет.
три команды тебе уже написали.
Я ими почти никогда не пользуюсь, хуже работать не стало

В Линуксе можно удалять по-разному: можно просто деинсталлировать, удалить и удалить полностью, со всеми конфигами. Для этого существуют команды uninstall, remove, purge .

По идее удаляется все, но могут остаться конфиги в папке пользователя

Как бы удаляется все лишнее из системы, остаются только файлы записанные в процессе работы в домашней директории например настройки или какой нибудь кэш, есть утилиты которые очищают мусор + можно в папке найти директорию программы и удалить ее