Программа шифрования данных VeraCrypt. Что надежнее, создать несколько томов или один раздел?

лучше и быстродейственнее иметь шифрованный диск, чем кучу мелких томов

без разницы. как удобнее.
sha512 длинна ключа на скорость не особо влияет.

не забывает делать бекапы зашифрованного.

Без разницы!
Принимайте решение исходя из удобства пользования каталогами. Наверное удобнее если они будут лежать на одном диске или в одном контейнере. Диск или контейнер, пофигу совершенно. Стойкость одинаковая.

Надежность, зависит от прокладки в первую очередь. Есть много нюансов, которые надо учитывать, если речь о надежной защите данных.
Естесно, важные данные надо хранить в двух независимых местах, даже в зашифрованном виде.
Ну и если инфа шифруется, стоит придерживаться правил безопасности, особенно если файлы ценные или секретные.
Для работы с ценными документами ОС должна быть правильно настроена. Так же стоит следить за комплексной безопасностью на ПК с корого получаете доступ к шифрованным данным. Про стойкий пароль и современные алгоритмы шифрования рассказывать не буду. Чем новее, тем лучше. И это только пол дела.

Например, винда по умолчанию, небезопасна. Криминалисты извлекут ключ из недр системы даже через длительное время. Но для бытовой безопасности, можно не париться.
Стойкий пароль никто ломать не будет, будут искать ключи в системе, и они там есть. Особенно на старых версиях проги, и на портативных версиях есть нюансы с этим делом. Идеальная ОС для работы с важными данными Tails. Она стартует с флэшки и работает в ОЗУ. Но юзать ее не всегда удобно. Поэтому лучше заморочиться и настроить винду один раз и забэкапить.