Какие скрипты vbs запускаются автоматически при загрузке Windows или некоторых программ (н-р MS Word)?

Вирус может себя дописать куда угодно. Хоть в exe файл. Учить этому не буду.

"мне нужны системные скрипты в автозагрузке системы"

Так допиши уже cscript чтототам. vbs в системный планировщик по входу в систему, например через schtasks

Или оформи свой VBS как логон-скрипт

Для локальной машины скрипты можно задать с помощью оснастки для mmc.exe gpedit.msc (Политика "Локальный компьютер").
1. "Конфигурация пользователя" - "Конфигурация Windows" - "Cценарии (вход/выход из системы) ".
2. "Конфигурация компьютера" - "Конфигурация Windows" - "Cценарии (запуск/завершение) ".
Кроме того, скрипт для входа пользователя можно задать с помощью оснастки для mmc.exe "Локальные пользователи и группы", в свойствах пользователя, вкладка "Профиль", поле "Сценарий входа".

Или в службы через srvany

Только если там что-то стремное, его может таки запалить эвристика антивируса

У офиса можно отключить безопасность макросов и запихнуть нужный макрос в шаблон Normal.dot, но там VBA будет

Браузеры работают в основном с JS. В дополнения можно всякого напихать.

В системе нет таких скриптов, которые сами по себе автоматически запускаются.
Но есть куча средств для того, чтобы организовать автоматический запуск:
- политики - при включении компа и/или при входе пользователя в систему,
- шаблоны офиса - при запуске офисных приложений,
- планировщик - в любое время по расписанию.

Имелась такая же проблема, используй mwfix