Программисты, можно ли долго пользоваться компьютером, у которого боковая крышка снята? или лучше ее одеть, я не понимаю

программисты пишут программы, а не крышки на компьютер ставят.
одеть можно что-то/кого-то в одежду. одетая крышка - это крышка, украшенная шарфиком и платьем.
охлаждение и потоки воздуха в пк планируют с учетом закрытого корпуса. работать будет и со снятой крышкой, но с охлаждением в этом случае может быть хуже. да и пыли больше затянется.

Если комп не чудит, а крышку барабашка утащил, всё нормально

смотри за пылю, и чтоб животные не влезли в вентиляторы
закрытая крышка для эстетики и компютерной безопасности, открытая для лучшего охлождния

Тебе можно даже черепную коробку открыть

Пользоваться можно - но если охлад воздухом, то это менее эффективно, чем сквозной продув корпуса. Тем более что сейчас даже самые дешевые корпуса имеют посадочные места для фронтовых и задних вентиляторов.
А вот насчет пыли, разница спорная на самом деле: если в корпусе нет защиты от нее (сеточки), то один хрен с крышкой/без - засоряться будет быстро.

// с этим лучше в категорию железа, тематика другая.

У меня уже лет 5 так стоит и ничего

Можно, разрешаю. У меня, вот, сняты обе крышки и морда.

Можно, главно воду туда не лей и отвёртки не кидай

уже 2 года стоит мой пк так

Пыль будет затягивать больше.
Кулера блока питания, процессора и видеокарты забьются раньше.
А может даже из-за пыли случиться короткое замыкание на мамке.
А если есть грызуны, то они могут погрызть все внутренности.

Пыли будет много.