Сталь 65Г резка

А одновременную (синхронную) работу двух сопел нельзя осуществить? Тогда бы все проблемы пропали.

1. Я бы для начала исключил влияние оборудования (маловероятно, но бывает) . Лист оцинковки бы прогнал. Да и небольшого листа на месте будущего стыка тоже вполне хватит, чтобы увидеть будет ли совпадение после прогонки программы.
2. Если все ровно получится, то тогда деформации работают. И не просто изменение размера 500 на 3 мм (не реально растянуть сталь на 0,6%), а поворот в плоскости вырезаемой полосы относительно недорезанного участка.
Если так, то попробовал бы исключить поворот вырезаемой полосы после вырезки левого контура. Перед вырезкой правого контура, в зазор левого шва по углам длинной стороны клинья вставить.
Второй вариант - поиграться с траекториями. Например левый нижний рез только на 500 мм от угла делать. Потом правый на метр, потом левый на полтора и правый до конца.
Если две точки врезки не смущают, то там вариантов стратегий траекторий еще больше.

Это называется внутренним напряжением металла.
Даже когда листовой металл разрубают на гильотинных ножницах, кромки не совпадут.
ГОСТом это лимитируется.

коэфициент линейного расширения у нее не такой большой, чтобы она меняла размеры в структуре. может банальная деформация на такой длине происходит, плоскостность меряли до и после? брали припуск на толщину реза? попробуйте сначала на небольшом образце.

Предполагаю, что для такой толстой стали (16 мм) охлаждение при резке недостаточно, вот её и коробит. Попробуйте понизить скорость обработки разика в два, или режьте в несколько проходов, снимая каждый раз по 4 мм, если станок позволяет.