можно ли с помощью какой нибуть программы разложить фото на все слои и посмотреть фейк это или нет ?

можно, если фотографии сохранены в формате psd или tiff, и то если сохранены правильно

Merge Layers не имеет обратной силы.

Нет

вряд ли, конечно есть наверное программы для анализа фотографий, но нужны они специалистам, экспертам. Сделать такой анализ в два щелчка не получится.

В фотошопе в формате PSD всё уже должно лежать на слоях, если так создавалось.
С помощью специальных плагинов-фильтров можно проанализировать фото и разложить на слои по тем или иным признакам.
Но такой плагин надо скорее всего писать самому, под свои конкретные аналитические идеи, которые в свою очередь будут зависеть и от содержания фото, и от его качества.
Такой плагин должен анализировать не по одному пикселю а сразу комплекс из десятков или сотен пикселей, чтобы найти дефект, свидетельствующий о подделке.

Нет, разумеется. В фото нет слоёв.

Они могут существовать во время монтажа, но потом их сводят в один.

Это невозможно в принципе.
1. Сведение слоёв, о котором говорилось выше, производит логическое сложение каждого элемента изображения, и оставляет только его результат.
Если я скажу число (8), можете назвать числа, которые являлись его слагаемыми? 6+2? 3+3+1+1? 7+1? Или 9+(-1)? Вот, также и с изображениями.
2. Разложение на слои - см. выше )) То, о чём пишет Юля Павлова, имеет место, но это - удел экспертов по графике и однозначного результата никогда не даст.