Может ли работающий кондиционер в вагоне поезда перезаразить всех 38/56 человек в течение короткого времени?

Перезаразить ЧЕМ ?! Сам по себе, кондиционер, как-бы, не заразный...
А, если в вагоне есть больной, то он и без кондиционера там всех заразит, в таком небольшом пространстве.

да

Если только будет гонять воздух внутри вагона.

Нет. В современных вагонах в климатической системе стоят не только фильтры, как раньше, но ещё и УФ-лампы для обеззараживания воздуха. И в вагонах, в отличии от бытовых кондиционеров, к рециркуляционному воздуху постоянно подмешивается наружный, а излишки отработанного воздуха удаляется из вагона, таким образом, воздух постоянно обновляется и обеззараживается.

Легионеллёз, например.

Регулярно не очищаемый и вовремя не заменяемый фильтр тонкой очистки кондиционера как раз является тем самым источником заразы и инфекции.

Чую, что тема крутится вокруг больного. Поговорим об этом.
Этот год удался на славу. Истерика по обычному гриппу превзошла все возможные пределы. Даже учёным мужам крайне не комфортно от навязанной туфты.
Лично меня крайне коробит представляемый формат статистики. Абсолютные величины пугающи. Даже мне порой охота думать, что это пандемия. Однако, откинем эмоции.
Каждый год все мы, за редким исключением, болеем. Отнимем хотя бы пять процентов стойкости от числа людей на планете - число людей ежегодно подверженных негативному вирусному влиянию. Кроновирус с лихвой не дотягивает. Абсолютное число усопших с наличием, а не от, - удручающ. Однако, проблемный процент в рамках обычного ежегодного фона.
Встаёт вопрос: нафига? А ответ прост: короновипрус страшен не чихом. Он страшен как инструмент сдерживания народного ропота. До коли терпеть чиновничий беспредел? Пока режим ограничений в действии - роптания на напоследок - сейчас пред ЧС.. Вирусный пред коллапс теперь будет всегда, пока власть стоит вразрез с народом.
Отметём политику. Не зная вагонной схемотехники кондиционирования, не могу однозначно ответить на Ваш вопрос. Однако, предположив техническую невозможность проникновения в Ваше купе из соседнего, не гарантирую здравия - без пяти процентов с стойким иммунитетом - все переболеем. Кто-то легко, кто-то с осложнениями, а кто-то фатально. Вагоны здесь не причём. В общем, по здоровью, как обычно. Не обычно - новшества сверху с никчёмными намордниками и перчатками.
Вот такие мысли мне говорят, что кондиционер в проезде - не в удел. Зараза будет гулять повсеместно. Она, вопреки физическим законам, должна стать панацеей сдерживания посредством ношения бесполезных рабских намордников. Однако, может отличится звонкой монетой из вашего кармана навязанными правилами корыстолюбцев у власти.

параноик