USB - накопитель

накопитель больше не будет работать

Если идёт передача данных с флешки (чтение), то ничего не будет. Просто остановится работа приложения. Если поступают данные НА флешку (запись), то можно потерять все файлы на ней.

1 Ось может целиком загружаться в оперативу вместе со всеми приложениями.
2 Если в момент извлекания происходило чтение будет ошибка в некторых случаях синий экран.
3 Если происходила запись диск может повредится вплоть до потери работоспомобнлсти.
4 если выполняется первый пункт но 2 и 3 нет то не произойдет ровным счетом ничего.
То есть если программа обращается к флешке или читается с нее будет ошибка.
Если шла запись то сломаетя фс на диске самое маленькое почвление секторов сбойных но это лечится.

приложение будет работать, пока не захочет пошариться в своей домашней папке

Твой вопрос можно сделать универсальным сформулировав так: "Что будет если сделать то, что сделать может только дебил?"
И ты не один такой:
"Что будет если сделать печатную плату и смазать ее зелёнкой?
Если бросить диктофон под кровать, сколько дней сможет идти запись?
Сможет ли болгарка перерезать горло?
Что будет если крутить электродвигатель?
Что будет если в открытый системник залетит мыльный пузырь и попадет в материнку?
Если к свинье присобачить реактивный ранец, то она сможет летать?
Что будет, если бросить в унитаз поезда лом?
Что будет если в микроволновку положить кусок свинца?»
Я вас, дебилов, коллекционирую.

Сломается файловая система на флешке, форматировать надо будет.