Где и как можно открыть визу в Японию без оформления тур путевки?

В любом случае необходимо приглашение принимающей стороны. В Тур агентствах это делают. Можно ехать дикарями, но легенда, для визы, всё равно должна быть.

Самостоятельно покупаете авиабилеты, самостоятельно через интернет бронируете и оплачиваете пластиковой картой все японские отели, где будете жить и все экскурсии, на которые собираетесь поехать - и с билетами, бронями и прочими бумагами идете в японское посольство/консульство. В итоге получится не дешевле, чем заказать готовый тур.
Увы, Япония - это не та страна, куда просто поехать самостоятельным путешественникам.

Я в этом году ездил в Японию по бизнес-визе. Оформлял ее сам. При этом в посольство подавалась куча бумаг (в оригинале! ) на японском языке, их заполнила и прислала экстренной почтой приглашающая фирма. Когда я спросил московского представителя этой фирмы насчет медицинской страховки, то он сказал, что принимающая сторона берет на себя обязательство оплатить, в случае необходимости, лечение и это записано в японоязычных бумагах. Кроме того, в прямую это не говорилось, но из общего смысла разговора я понял, что принимающая фирма берет на себя и другие обязательства. Например у меня сложилось впечатление, что они отвечают перед японскими властями за то, что бы я не разъезжал по Японии куда мне вздумается, а соблюдал заранее заявленную программу. Для этого они приставили сопровождающего и ускользнуть от него было достаточно сложно.

Сильно подозреваю, что нечто подобное есть и при оформлении туристической визы, функцию принимающей стороны в этом случае может выполнять японский партнер турфирмы, продающей тур из России (или любой другой страны) .

Отсюда вывод: нужна либо турпутевка, либо приглашение японской стороны - фирмы или физического лица.