хочу сделать шенген через Францию. По негласному правилу первой страной въезда должна быть Франция. НО! я еду на автобус

Нет. По негласному правилу страна, выдавшая шенгенскую визу должна быть или страной въезда или страной наиболее длительного пребывания. Если Вы пробудете во Франции более 3 дней - все нормально.

Не знаю, как насчет негласных, а официальное правило гласит, что шенгенскую визу нужно запрашивать в консульстве той страны, где вы проведете больше всего дней.
Если у вас во Франции больше 3 дней, то она имеет преимущество. Прикладываете к заявлению брони отелей по всему маршруту, можно еще и листок приложить с расписанием поездки. В консульстве легко посчитают, правильно вы подали заявление или нет.
Въезжать вы будете через польскую, словацкую или венгерскую границу, это особого значения не имеет. Через чешскую не получится, .т. к. на земле вокруг Чехии все стран в Шенгене и чешские пограничники есть только в аэропорту.
Никакой транзитной визы в этом случае не полагается. Чтобы не было сложностей со следующей визой, сохраните документы, подтверждающие пребывание во Франции. Обычно это бронь отелей, но годятся и именные билеты на транспорт.

Правила первого въезда уже нет. Есть правило, что в стране выдавшей визу, Вы должны пробыть бОльшую часть времени. если у Вас будет въезд через Чехию и выезд такой же, просто в следующую подачу на выдачу визы Вам стоит приложить в документам какое-то подтверждение того. что Вы были во Франции (счета из отеля и т. д. , билеты, ваучеры, ведь можно с них копию снять) . На первый раз Вас везде впустят и выпустят, а уж на второй раз, что с Вами делать, будет решать консул той страны, в консульство которой Вы подадите документы

Когда Вы будете заполнять анкету-заявление на визу, там есть пункты 22 и 23, где нужно указать, для посещения каких стран запрашивается виза, и какой будет страна первого въезда. Вот в качестве страны первого въезда укажите страну шенгенского соглашения, где будете проходить паспортный контроль. Скорее всего это будет даже не Чехия, а Польша или Прибалтика (Эстония, Литва, Латвия) или Словакия, если Вы поедете через Украину.
Эту же страну укажите после Франции в пункте "для посещения каких стран запрашивается виза".

главное не забудьте указать в анкете на визу что Чехия точка въезда в Шенген

Чего вы паритесь - делайте визу в Чехию если у вас въезд-выезд через нее, бронь отеля после получения визы аннулируете.

глупость какая! если есть шенген вы можете посещать любую страну, в которой шенген необходим и не имеет значения в каком порядке!