Шенгенская виза.

Правила "первого въезда" давно не существует (c 2011 года) . Так что въезжать Вы можете через любую страну Шенгенской зоны вне зависимости от того, каким видом транспорта следуете.
Однако, есть Параграф 5 шенгенского кодекса "О границах", который обязывает Вас основной целью Вашей первой (именно первой! ) поездки иметь именно ту страну, которая Вам выдала визу. При это совершенно не важно, однократная эта виза или многократная. Если лениво искать в инете данный закон (более 100 страниц) , то можете воспользоваться выжимкой из него, любезно размещенной на своем сайте посольством Германии. http://www.germania.diplo.de/Vertretung/russland/ru/__pr/mosk/einreise-schengen.html
Замените в этом тексте слово "Германия" на "Чехия" (закон един для всех стран Шенгенского соглашения) и включите в процесс голову. Если совсем коротко, то можете ехать прямиком в Чехию, но при этом у Вас должны быть с собой документы, подтверждающие, что из Чехии Вы направитесь в Эстонию и проведете там больше дней, чем в Чехии. Если при въезде в Чехии у Вас пожелают документы проверить по полной программе (а это делается не часто) и Вы не сможете доказать документально, что основной целью этой Вашей поездки является Эстония, то в страну Вас могут не пустить. То, что всего за все Ваши поездки по этой визе, в Эстонии Вы должны будете провести больше дней, чем в любой другой стране, - это само собой, но это влияет только на то, как отнесутся к Вам эстонцы при следующем запросе их визы. Первая же поездка - это отдельная "песня", её желательно "откатать" в строгом соответствии с законом, ибо последствия нарушения оного тут гораздо серьезней, чем просто невыдача следующей визы.

Правило первого въезда умерло. Поэтому если будет бронь гостиницы, страховка и необходимые денежные средства, то в Чехию пустят без проблем. Только не забудьте потом в Эстонию съездить. Количество дней проведенных в Эстонии должно быть НЕ МЕНЕЕ, чем в иных странах Шенгена

Иди ты на термины) ) ...если оформила визу через Эстонию без ее открытия в Эстонии ...оказавшись в Праге
НЕТ И НИКОГДА НЕ БЫЛО " правила первого вьезда", тем более для обладателей мультивизы

можно, проблем не будет, проверено неоднократно, езжайте к чехам, нечего в эстонии делать) )

конечно можете, единственное на что это может повлиять - так на последующую эстонскую визу. Консулы тоже люди и могут следующую визу "запороть", но это касается единичных случаев