Скажите, если к дипломной работе очень много приложений (больше 80 документов) - как их номеровать (А, Б потом А1,Б 1,

Прошу прощения, а действительно для дипломной работы нужны все эти приложения?? ?
Вообще пишется сверху справа Приложение 1, Приложение 2, ..Приложение 99, зачем же А, Б и т. д. ? По крайней мере, я в этом году так нумеровала.

Так как в природе не существует ГОСТа на оформление дипломных работ, то требования надо узнавать на выпускающей кафедре, и только там. Только кафедра их определяет. Все остальные рекомендации "а вот у нас в техникуме... " или "всегда так делали" - не являются руководящими указаниями.
За 80 приложений к диплому надо просто мылить шею! И руководителю, и исполнителю. Это не соответствует сложности работы никак. Это уровень разве что докторской диссертации. Даже в кандидатских дисерах приложений обычно на порядок меньше.
Обычно это означает либо непонимание темы, либо неумение выражать мысли.
Обязательно пересмотрите количество приложений, тогда вопрос о нумерации отпадёт сам собой.

Я нумеровала так: бухгалтерский баланс (за пять лет) одним приложением (например 1), форма №2 - 2 приложение. Т. е. сгруппируйте по группам. Расчет все равно у вас групповой, т. к. что ошибки не будет.

Можно нумеровать так:
Приложение 1.
Приложение 1.1.
Приложение 1.2.

Но, вообще, лучше посмотреть методичку по дипломной работе. Как правило, там подробно описано, что и как делать.

если такая ситуация нормами не предусмотрена то можно делать как угодно, лучше всего как в экселе - АА, АБ и т. д.