Стоит ли идти в колледж?

стоит или нет - решать лично вам. То, что вы должны чётко понимать:
1. если вы хотите стать нормальным специалистом (тем более, если собираетесь поступать в ВУЗ), то нужно будет учиться.. причём, усиленно изучать именно математику и физику, а не уроки на ютубе смотреть.
2. именно программистом после колледжа работать не получится (если вы не гений), только после ВУЗа.
3. вам надо будет не "перейти", а поступить в ВУЗ на 1й курс на общих основаниях. Для этого очень хорошо сдать экзамены по школьной программе - будут это ЕГЭ или внутренние экзамены неважно (они одинаковые по сложности). колледж не готовит к поступлению.. готовиться нужно самому.
4. описанная возможность перехода на индивидуальный учебный план доступна далеко не всем. и не факт, что она вообще будет... а может быть предложена на таких условиях, что они конкретно для вас будут невыполнимы. например: красный диплом колледжа, сдача первой сессии без 3ек, оплата сокращения обучения как за коммерческое место (т. е. за 1,5 года обучения на нём) и прочие прелести фантазии ВУЗа.
5. перед ВУЗом надо будет отслужить в армии.

Если колледж неплохой, вы готовы усиленно учиться, собираетесь работать по специальности колледжа и осознаёте все нюансы продолжения обучения... то сами сделаете свой осознанный выбор.

Про третий курс забудьте, в вуз вы будете поступать на первый курс.

Сейчас все поступают на первый курс. Будет ли после колледжа сокращённая программа - неизвестно. Может и будет.

Судя по всему, у вас есть хороший план, в отличие от учеников, которые просто хотят уйти после 9-го абы куда, лишь бы уйти из школы, под влиянием максимализма.
Я бы посоветовала идти, не вижу причин оставаться, если вы хотите обучаться в интересной для вас сфере.