Самостоятельны (я имею ввиду не через тур оператора, а "дикарями") отдых в Германии, сколько это выходит по стоимости?

Так довольно сложно сказать, все зависит от деталей: поедете поездом или самолетом? Останавливаться будете в гостинице? В каком городе? Опять же на окраине или в центре (в центре гостиницы дороже, зато с окраины время и деньги на проезд тратятся) В зависимости от этих параметров цена сильно меняется.

Виза - 35 евро, остальное на твоё усмотрение. Билеты - как найдёшь, гостиницы по выбору, передвижения по стране - опять же разными способами.. . Так что всё от тебя зависит.

самые дешевые варианты:
www hostelworld com; www hostelbookers com; www hihostels com - проживание
www lowcost com; www momondo com - цены на самолет
www ecolines net - цены на автобус в Германию
mzd rzd ru - "пасс перевозки" - "общая информация" - цены на поезд в Германию
www db de - цены на поезд по Германии

Германия не самая дешевая страна (это минус) , но туда можно очень дешево добраться (это плюс) . Из Москвы и СПб в Германию летают такие компании, как airberlin и germanwings. Например, на некоторые даты (если покупать заранее) у эйберлина можно приобрести билеты за 98 евро (туда обратно со всеми сборами) .
Что касается отелей, то здесь разброс очень широк: от 10 евро за койку в хостеле до сумм с рядом нулей :) Для поиска отелей могу порекомендовать этот ресурс - очень удобно сравнивать цены различных систем бронирования.

минимум 40-50 тысяч. р