Справка с работы для получения визы: можно ли указывать "серую" зарплату? Будут ли проверки, грозит ли это предприятию?

Можно, но имеют полное право проверить и проверяют. Могут по старинке позвонить на работу, а могуть запросить ПФ РФ о той зарплате, которую работодатель официально в отчётах указывает.
Если будут нестыковочки, то работодателю это ничем не грозит, а Вам мало того, что визу не дадут, так ещё и в чёрный список внесут и въезд в Европу будет Вам "заказан" очень надолго.

Разумеется, проверяют далеко не всех, а выборочно. Меня, например, за пять последних лет (около десятка виз) проверяли трижды (это если только по звонкам на работу судить, а так может и больше) .
Так что это уж Вы сами решайте, стоит рисковать или нет...

если предприятие не подтвердит при звонке и т. п. из визового центра - будут неприятности

смотря куда виза) кпримеру Польшаили Италия с испанией вообще не фига не проверяют - пишите. что хотите, а вотсГерманией, Англией и тем паче США будут проблемы - они детализаторы в этом вопросе) Франция тоже не подарок - перезванивают, проверяют, но реже0

предприятию ничего не будет, а вот вам могут и отказать в получении визы....

Справка ведь дается не 2-НДФЛ, а произвольной формы (отдел кадров пишет)

В 2008-м я летал в Израиль, еще по визе, тогда.
Мне ОК указал з/п на 5 тыс. больше реальной (я сказал: Мне справка для визы за границу) И телефон-факс отдела кадров был указан. Не знаю, проверяли-нет. Но, в любом случае, визу мне дали, а вскоре после визы с Израилем отменили: )
А по Европе я езжу с финской визой (а финны справок не требуют)

Да хоть что указывайте.